和名「マッコウクジラ」の漢字表記は「抹香鯨」であるが、これは香木の名に由来がある。 古代からアラビア商人が取り扱い、洋の東西を問わず珍重されてきた品に、香料であり医薬でも媚薬でもある龍涎香というものがあったが、それは海岸に打ち寄せられたり海に漂っているものを偶然に頼って見つけ出す以外、手に入れる方法が無かった。 しかしその実、この香料の正体はマッコウクジラの腸内でごく稀（まれ）に形成されることがあり、自然に排泄されることもあった結石であったので、捕鯨が盛んに行われる時代に入ると狩ったマッコウクジラから直接採り出すことが可能になった。 この、マッコウクジラの「龍涎香」が、香木の一種である抹香（まっこう）に似た香りを持っていることから、近代日本の博物学では中国語名「抹香鯨」に倣（なら）って「抹香（のような龍涎香を体内に持つ）鯨」との意味合いで呼ばれ、そのまま生物学名として定着したものである。
英語名 sperm whale の原義は、「精液くじら」あるいは「精液（のような液体である鯨蝋が採れる）鯨」である
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分子系統学的知見を入れた最新の分類法では、クジラ類（クジラ目、鯨目）は偶蹄類（偶蹄目）とともに鯨偶蹄目の下位分類となるが、目下のところ鯨偶蹄目は再構成の過渡期にあって煩雑さは否めない。 よって、本項では難読性と混乱を避ける意図をもって伝統的分類に基づいた記述をしている。 本項の分類に関する内容は鯨偶蹄目の再構成が整い次第改訂されるものである。
なお、右上に表示のテンプレートでは、未整理の状況をそのままに最新の分類法による階級区分を可能な限り（クジラ目の前後を重点的に）書き表した。
マッコウクジラは、コマッコウ科コマッコウ属のコマッコウ（Kogia breviceps）、オガワコマッコウ（Kogia sima）とは近縁であり、様々な分類法がある。
1998年以降よく知られている分類としては以下が挙げられる。